Муниципальное автономное общеобразовательное учреждение «Лицей №3» городского округа город Стерлитамак Республики Башкортостан руководствуется в своей деятельности Конституцией Российской Федерации, Конституцией Республики Башкортостан, Конвенцией ООН "О правах ребенка", федеральными и республиканскими законами, указами и распоряжениями Президента Российской Федерации и Президента Республики Башкортостан, постановлениями и распоряжениями Правительства Российской Федерации и Правительства Республики Башкортостан, решениями Министерства образования и науки Российской Федерации, Министерства образования Республики Башкортостан, решениями Совета городского округа город Стерлитамак Республики Башкортостан, постановлениями и распоряжениями администрации городского округа город Стерлитамак Республики Башкортостан, Уставом общеобразовательного учреждения.
Управление МАОУ «Лицей №3» осуществляется в соответствии с действующим законодательством, Уставом лицея на принципах демократичности, открытости, приоритета общечеловеческих ценностей, охраны жизни и здоровья человека, свободного развития личности. Управление Учреждением строится на принципах единоначалия и самоуправления.